Fyzikálny ústav SAV sa spolupodieľa ako externá vzdelávacia inštitúcia v zmysle ustanovení zákona č. 131/2002 Z.z. v platnom znení a Kritérií akreditácie nevysokoškolských inštitúci na uskutočňovaní študijných programov tretieho stupňa, ktoré sa realizujú v spolupráci s Fakultou matematiky, fyziky a informatiky Univerzity Komenského v Bratislave, Fakultou elektrotechniky a informatiky Slovenskej technickej univerzity v Bratislave a Prírodovedeckou fakultou Univerzity Komenského v Bratislave.
Témy dizertačných prác pre jednotlivé študijné programy sú každoročne aktualizované.
Štúdium je realizované v študijnom odbore Fyzika, pre študijné programy
- Teoretická fyzika a matematická fyzika
- fyzika kondenzovaných látok a akustika
- Kvantová elektronika a optika a optická spektroskopia
- Jadrová a subjadrová fyzika
v študijnom odbore Elektrotechnika pre študijný program
- Fyzikálne inžinierstvo
v študijnom odbore Chémia pre študijný program
- Jadrová chémia a rádioekológia